INSTITUTO TECNOLÓGICO Y DE ESTUDIOS SUPERIORES DE MONTERREY
Cs95054. Introducción a la biología computacional

Departamento académico:Ciencias Computacionales
Unidades:3-0-8
Requisito:
Semestre y carrera:
Equivalencia:ninguna
Objetivo general de la materia:Al finalizar el programa, el alumno será capaz de:
• Conocer los principios básicos en que se sustenta la biología computacional.
• Aplicar las técnicas modernas de la biología computacional en la solución de problemas actuales.
Temas y subtemas del curso:1. Introducción a la biología computacional
2. Análisis de algoritmos
3. Programación dinámica aplicada a problemas de biología computacional
4. Mapeo de cadenas
5. Secuencias de cadenas
6. Correspondencia de cadenas(Matching)
7. Alineación de cadenas
8. Proteómica y Genómica
Objetivos específicos de aprendizaje:1.1 Identificar los principios básicos de la biología molecular.
1.2 Conocer la morfología y fisiología de la célula.
1.3 Comprender la estructura del ADN
1.3.1 Identificar los nucleótidos y su función
1.3.2 Entender la traducción de gen a proteína.
1.4 Conocer las subareas de la biología computacional y la relevancia de la bioinformática en ella.

2.1. Definir algoritmo y sus propiedades
2.2. Comparar el desempeño de los algoritmos a través de la definición de complejidad.
2.3. Definir recursividad y sus características.
2.3. Clasificar diferentes algoritmos de acuerdo a su complejidad.
2.4. Definir los problemas P, NP y NPC.

3.1. Identificar los problemas principales de ordenamiento, búsqueda y comparación en el ámbito de la bioinformática.
3.2. Revisar problemas clásicos que involucran algoritmos de ordenamiento, búsqueda y comparación.
3.3. Revisar problemas actuales que involucran algoritmos de ordenamiento, búsqueda y comparación.
3.4. Entender la programación dinámica como una herramienta para resolver problemas complejos.
3.5. Revisar problemas actuales que involucran programación dinámica.

4.1. Definir mapeo de cadenas
4.2. Identificar algoritmos aplicables a problemas de cadenas.
4.3. Revisar el mapeo de ADN y problemas de secuencias.
4.4. Resolver problemas que involucran restricciones.
4.5. Resolver problemas que involucran ensamble.

5.1. Definir secuencia
5.2. Identificar algoritmos aplicables a problemas de secuencias.
5.3. Resolver problemas que involucran secuencias con traslape.
5.4. Identificar los algoritmos utilizados en la comparación de secuencias.

6.1. Entender el concepto de correspondencia (matching)
6.2. Resolver problemas de correspondencia utilizando métodos clásicos
6.3. Resolver problemas de correspondencia utilizando métodos seminuméricos
6.4. Definir el concepto de correspondencia no exacta

7.1. Definir el concepto de alineación.
7.2 Analizar los problemas de alineación múltiple.

8.1. Identificar la proteómica como área relevante en el campo de la biotecnología.
8.2. Revisar problemas actuales de la proteómica.
8.3. Identificar la genómica como área relevante en el campo de la biotecnología.
8.4. Revisar problemas actuales de la genómica
Metodología de enseñanza:ñanza
Tiempo estimado de cada tema:Tema 1- 4 hrs.
Tema 2- 8 hrs.
Tema 3- 8 hrs
Tema 4- 6 hrs
Tema 5- 6 hrs
Tema 6- 6 hrs
Tema 7- 6 hrs
Tema 8- 4 hrs
Políticas de evaluacion sugeridas:De acuerdo a la estrategia de PBL se evaluará de acuerdo a los avances, grupos tutoriales, portafolio y resultados de acuerdo a las rúbricas presentadas en cada escenario.

1 Evaluación parcial 25%
2 Evaluación parcial 25%
3 Evaluación parcial 25%
Evaluación Final 25%
Libro de texto1:
Pevsner, Pavel A.(2000)
Computacional Molecular Biology an algorithmic approach
MIT Press.

Libro de texto2:
Gusfield, Dan (1997)
Algorithms on String Trees and sequences
Computer science and computational biology.
Cambridge University Press

Libro de texto3:Lesk Arthur (2002)
Introduction to Bioinformatics
Oxford University Press

Libro de consulta:NO OBLIGATORIO

\0Material de apoyo:NO OBLIGATORIO

Perfil del Profesor:Profesor con Maestría o Doctorado en el área o áreas afines como computación, y/o inteligencia artificial , Creativo e Innovador capacitado en las Técnicas de PBL para Ingeniería y Ciencias Básicas.

 

Fecha de última actualización:21 de junio de 2004(m)